พลเอก ปัญญา รับราชการทหารเคยดำรงตำแหน่งเป็นผู้บัญชาการกองพลทหารราบที่ 5[2] และเป็นรองแม่ทัพภาค 4 เป็นรองเสนาธิการทหารบก ฝ่ายยุทธการ จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2531 ได้รับแต่งตั้งเป็นเลขาธิการนายกรัฐมนตรี ในรัฐบาลของพลเอก ชาติชาย ชุณหะวัณ จนถึงปี พ.ศ. 2533

ต่อมาในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป มีนาคม พ.ศ. 2535 พลเอก ปัญญา ได้ลงสมัครรับเลือกตั้งและเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดนครราชสีมา สังกัดพรรคความหวังใหม่ และได้รับเลือกเป็นประธานคณะกรรมาธิการการเกษตรและสหกรณ์ สภาผู้แทนราษฎรไทย ชุดที่ 17

ใน พ.ศ. 2539 สมัยรัฐบาลนายบรรหาร ศิลปอาชา เป็นนายกรัฐมนตรี ขณะนั้นมีการเรียกร้องให้มีการปฏิรูปการเมือง ให้แก้ไขรัฐธรรมนูญให้มีความเป็นประชาธิปไตย สกัดกั้นนักการเมืองที่ซื้อเสียง และหวังเข้ามาคอร์รัปชัน พลเอก ปัญญา ได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกสภาร่างรัฐธรรมนูญ[3] ทำหน้าที่ร่างรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540

ต่อมาพลเอก ปัญญา ได้รับเลือกเป็นนายกสมาคมรัฐธรรมนูญเพื่อประชาธิปไตย แต่ถูกดำเนินคดีฉ้อโกงและยักยอกเงินจำนวน 30 ล้านบาท ของสมาคมฯ โดยเมื่อวันที่ 14 ธันวาคม พ.ศ. 2550 ศาลแขวงดุสิต พิพากษาจำคุกเป็นเวลา 3 ปี แต่ได้ยื่นหลักทรัพย์ขอประกันตัวสู้คดี[4]

พลเอก ปัญญา ก่อเหตุใช้เชือกผูกคาตายภายในบ้านพักในกรุงเทพมหานคร แต่ญาตนำส่งโรงพยาบาลได้ทัน ก่อนจะเสียชีวิตในอีก 3 วันต่อมา เมื่อวันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2553[5]